如果你想对bam/sam文件进行特殊的编辑处理,可以使用pysam。
1. pysam安装
谷歌pysam,然后下载安装包,然后安装。
或者有pip的话:
pip install pysam
2. pysam基本使用
读取bam文件:
import pysam
bamfile = pysam.AlignmentFile(bamfile_dir, 'rb')
如果是sam文件的话:
samfile = pysam.AlignmentFile(samfile_dir, 'r')
获取指定起始位置范围内的read:
for read in bamfile.fetch('chr1', 94, 97):
print read
如果你是想要当做字符串处理:
MyReads = [str(x) for x in bamfile_.fetch('chr1', 94, 97)]
MyReads
要注意的是,这些读取的reads,他们的匹配的第一个nucleotide的位置在 94 - 97 之间,但是不在97上。
谷歌pysam,然后下载安装包,然后安装。
或者有pip的话:
pip install pysam
2. pysam基本使用
读取bam文件:
import pysam
bamfile = pysam.AlignmentFile(bamfile_dir, 'rb')
如果是sam文件的话:
samfile = pysam.AlignmentFile(samfile_dir, 'r')
获取指定起始位置范围内的read:
for read in bamfile.fetch('chr1', 94, 97):
print read
如果你是想要当做字符串处理:
MyReads = [str(x) for x in bamfile_.fetch('chr1', 94, 97)]
MyReads
要注意的是,这些读取的reads,他们的匹配的第一个nucleotide的位置在 94 - 97 之间,但是不在97上。