Usage of pysam|pysam的使用

如果你想对bam/sam文件进行特殊的编辑处理，可以使用pysam。

1. pysam安装
谷歌pysam，然后下载安装包，然后安装。
或者有pip的话：
pip install pysam

2. pysam基本使用
读取bam文件：
import pysam
bamfile = pysam.AlignmentFile(bamfile_dir, 'rb')
如果是sam文件的话：
samfile = pysam.AlignmentFile(samfile_dir, 'r')

获取指定起始位置范围内的read：
for read in bamfile.fetch('chr1', 94, 97):
    print read

如果你是想要当做字符串处理：
MyReads = [str(x) for x in bamfile_.fetch('chr1', 94, 97)]
MyReads

要注意的是，这些读取的reads，他们的匹配的第一个nucleotide的位置在 94 - 97 之间，但是不在97上。